A Shinto Muso Ryu alapítóját Muso Gonnosuke Katsukichi. Gonnosuke életéről nem sokat lehet tudni, nem tudni mikor született, és azt sem, hogy mikor és hogyan halt meg. A XVII. század elején élt, és egyes források szerint a Katori Shinto Ryu és a Kashima Shin Ryu (vagy Kashima Jikishinkage Ryu) mestere volt. Egy legenda szerint találkozott Miyamoto Musashi-val, a Niten Ichi Ryu mesterével, a kor egyik legismertebb harcosával. Megküzdöttek és Gonnosuke vesztett. A vereség után Gonnosuke tovább utazott. Eljutott Kyushu szigetére, Chikuzen tartományba (ma Fukuoka) és itt 37 napot töltött a Kamado szentélyben a Homan hegyen. Itt egyik éjjel álmot látott, aminek az volt az üzenete, hogy “a hengeres botot tartsd a gyomorszájra”. Ezután fejlesztette ki a jojutsu-t, egyesek szerint ekkor még csak öt mozdulatsort, a többi kata később az idők során lett beépítve a rendszerbe. Állítólag később újra találkoztak Musashival és most már Gonnosuke jojutsu-ja legyőzte Musashi-t.
1601-ben Kuroda Nagamasa megszerzi a hatalmat Chikuzen tartomány felett, és sok harcoshoz hasonlóan Gonnosuke is az ő szolgálatába áll, és élete végéig jojutsu-t tanít a Kuroda klán harcosainak. Állítólag élete során a klán 10 harcosának adott menkyo fokozatot. Az idők alatt a Muso Ryu Jojutsu-ból több jojutsu stílus is kialakult, például a Moriki Ryu, de ezek vagy kihaltak, vagy beolvadtak a stílus fővonalába.
Shiriashi Hanjiro mester (1842-1927, a Ryu 24. nagymestere) volt az, aki újra egységesítette a ryu-t, mivel egyszerre tanulta és tanította a ryu akkoriban gyakorolt változatait. Halála után 1929-ben nyitotta meg tanítványa, Takayama Kiroku mester a dojo-ját Fukuoka-ban. A dojo fuku-shihan-ja (segítő mestere) Shimizu Takaji (1876-1978), aki 1930-ban Tokyo-ba költözött. Takayama mester az 1938-ban bekövetkezett haláláig vezette a dojo-t, halála után Shiriashi Hanjiro mester egy másik tanítványa, Otofuji Ichizo mester lett a Fukuoka Dojo vezetője.
Shimizu Takaji mester 17 évesen kezdett el jojutsu-t tanulni, 1918-ban 23 évesen lett mokuroku, majd két évvel később megkapta a menkyo címet is. 1930-as Tokyo-ba költözése után tanítani kezdett a Mumon Dojo-ban, majd 1931-től Kano Jigoro Kodokan Judo dojo-jában és a Tokyo-i rendőrségnél is. 1933-ban speciális rendőri egységet állítottak fel, amelyet jo-val fegyvereztek fel. 1939-ben a Japán által elfoglalt Mandzsúriában ment tanítani.
1940-ben a Japán Császárság megalapításának 2600-ik évfordulója évében Shimizu mester a jojutsu nevet jodo-ra változtatta és megalapította a Dai Nihon Jodokai-t (Birodalmi Japán Jodo Szövetség). A második világháború elvesztése után japánban betiltották a legtöbb harcművészet gyakorlását, a jodo-t is csak a rendőrségen belül gyakorolták. Később, miután ezt a tilalmat feloldották, 1955-ben Shimizu mester megalapította a Nihon Jodo Renmei-t (Japán Jodo Szövetség), aminek a nevét 1956-ban Zen Nihon Jodo Renmei-re (Össz-Japán Jodo Szövetség) változtattak.
1964-ben Otofuji mester meglátogatta Tokyo-ban Shimizu mestert, és megállapodtak, hogy a Zen Nihon Kendo Renmei-en (ZNKR, Össz-Japán Kendo Szövetség) belül gyakorló kendokák részére létrehozzák a 12 formából álló Jodo Seitei-t. Ezt 1968-ban bemutatták a ZNKR vezetőségének, aki ezt elfogadta, majd 1969-ben Shimizu mester (kard) és Otofuji mester (jo) nyílvánosan is bemutatták a katákat. Ettől kezdve a Jodo hivatalosan is a ZNKR részévé vált, akárcsak a Iaido.
A Ryu több száz éves története alatt a jo katákon kívül az iskola részévé vált több fuzoku ryu (beolvadt/hozzátartozó iskola) is. Hirano Kichizo mester idejében lett a ryu része a Shinto Ryu Kenjutsu, majd Shiriashi Hanjiro mester idejében az Uchida Ryu Tanjojutsu (90 centis sétabot). Ezeken kívül a ryu része még az Isshin Ryu Kusarigama (láncos sarló és a lánc végén egy fémgolyó van), az Ikkaku Ryu Juttejutsu (rövid vasbot) és az Ittatsu Ryu Hojojutsu (a megkötözés művészete).
